高通量测序

▲孔祥东教授简介


孔祥东教授，医学遗传学博士，主任医师，硕士生导师 。郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心主任，河南省人类遗传病基因修饰工程技术研究中心主任，河南省遗传病基因治疗医学重点实验室主任。建立了郑州大学第一附属医院遗传病诊疗技术平台，包括遗传咨询门诊、胎儿取材术、遗传病治疗、染色体微阵列分析技术、高通量基因测序技术等。


●妇产科在线：孔主任您好，首先非常感谢您接受我们的专访，我们都知道您在产前诊断、遗传咨询领域做的大量的临床和科研工作，也了解到您所在的中心建有NextSeq CN500高通量测序平台开展NIPT等项目，那么您是从何时开始自行运转NIPT的？请您跟我们也分享一下您实验室自行开展NIPT的情况。 


孔教授：我们是2015年春引进NextSeq CN500高通量测序平台并开始独立进行NIPT的。考虑到传统唐筛较高的假阳性率和漏诊率，所以很有必要及时地将更准确、更高效的检测技术和平台应用于产前筛查、诊断领域，从而更好地预防出生缺陷。现在，我们每月的NIPT样本量已达800例，至今，我们已对8000余例孕妇进行了NIPT检测，筛查出阳性51例，对阳性案例进一步抽取羊水进行染色体核型检测等诊断，诊断结果显示真阳性样本46例，为这46个家庭做出是否选择终止妊娠提供了科学的依据。同时，因为NIPT准确度非常高，假阳性率非常低，能使大量血清学筛查结果为假阳性的孕妇避免羊水穿刺等有创诊断。


●妇产科在线：看来，您所在的中心已经熟练掌握高通量测序设备的操作了，在设备使用过程中，您有什么体会可以分享一下？


孔教授：在这两年多的临床实践中，NextSeq CN500各个方面都表现很出色，首先是这个平台自动化程度很高，操作简单快速，配备2个人就可以流畅运转，尤其是它独有的PCR-free建库过程，避免冗余和偏好测序信息，且易于项目的升级拓展；其次是仪器运行非常稳定，把维护保养做到位了，完全可以实现零故障，而且贝瑞和康整个服务体系都已非常完善，响应速度很快，这让我们非常满意，也非常放心；再就是它数据质量非常好， NIPT检测可达到Q30＞95%，所以NIPT样本检测的准确度很高，灵敏度超过99.6%，特异性高达99.98%，这种高准确性的检测技术、平台才是我们临床服务最需要的。


●妇产科在线：现在，高通量测序技术日渐成为临床实验室常规技术，而且我们和很多医院接触中也发现院方都对这个平台建设既欢迎又有疑问，您能分享一下您的实验室运行和管理的经验吗？


孔教授：首先要全方位培养人才，包括遗传咨询、妇产科及超声科等医生团队；实验室管理、技术及遗传咨询人员等实验室团队；以及数据分析团队和随访客服团队，做好培训及定期考核工作。其次要做好仪器的使用、维护、校准记录，定期校准，参加卫计委临检中心组织的高通量测序室间质评，保证数据质量。第三，要对试剂进行严格质检，检查包装是否完整、内容是否齐全、对每批试剂抽样进行重复性、稳定性、准确性、特异性检测，不使用过期、不合格或来源不明的试剂。第四，要严格遵守相关法规制度，建立完善的质量管理体系，规范实验室管理，并严格按照SOP进行操作。SOP应涵盖仪器管理、试剂耗材管理、质控管理、样本处理、实验室操作规程以及异常情况处理程序等。最后，我们对实验室进行分区管理，并严格按照标准PCR实验室建设和管理规定，实时监测环境温湿度，定期进行环境质评。


●妇产科在线：前面您提到，基于NextSeq CN500已自行开展了NIPT临床项目，那么，对于高通量测序技术的临床转化，您还有哪些期待？ 


孔教授：总的来说，NextSeq CN500是目前实现产品化项目最多样、最成熟的高通量测序平台，目前我们中心开展NIPT之外，很快就要开展科诺安染色体畸变检测。NextSeq CN500平台现有项目的检测范围、临床应用领域都有很大的升级、拓展空间，比如NIPT，早已升级成NIPT-Plus，检测范围扩大到常见微缺失综合征；科诺安现在主要用于产前诊断、流产物检测，实际上它也是染色体疾病先证者诊断的有效工具。将来，高通量测序技术的转化方向会更丰富更深入。对于一些临床诊断倾向不明确，或者致病基因非常多并且复杂的患者，临床上很难给出明确的诊断结果，那么可以借助高通量测序技术进行全外显子测序、全基因组测序，给出诊断结果；对于需要借助第三代试管婴儿进行生育的夫妻来说，可以通过高通量测序技术进行PGS/PGD选择健康胚胎植入子宫；对于肿瘤患者来说，高通量测序技术可以实时的监测用药效果，提出用药指导。总之，随着高通量测序技术深入临床、科研实践，会有更多更精彩的临床应用值得期待。


●妇产科在线：非常感谢您的耐心解答！